अनके लाभार्थी महिलांचे पैसे बँकांनी कापून घेतले आहेत. मिनिमिम बॅलेन्स, मिनिमम बॅलेन्स न ठेवल्यामुळे लागणारे चर्जेस तसे इतर दंडात्मक कारवाईच्या नावाखाली महिलांना मिळालेल्या 1500 तसेच 3000 रुपयांतील काही रक्कम कापून घेण्यात आली आहे. म्हणजेच राज्य सरकारने लाडकी बहीण योजनेअंतर्गत प्रतिमहिना 1500 रुपये या हिशोबाने पात्र महिलांच्या बँक खात्यावर पैसे टाकले आहेत, पण अनेक महिलांना मात्र ही संपूर्ण रक्कम मिळालीच नाही.
राज्य सरकारने महिलांच्याच याच अडचणींची दखल घेतली आहे. राज्य सरकारच्या महिला आणि बालविकास विभागाने बँकांना याबाबत सूचना दिल्या आहेत, व आता पैसे बँक खात्यातून कपात होणार नाही. मुख्यमंत्री माझी लाडकी बहीण योजनेअंतर्गत मिळालेला लाभ कोणत्याही कारणासाठी कपात करू नये, अशा सूचना सर्व बँकांना देण्यात आल्या आहेत. लाभार्थ्याचे कर्ज थकित असले तरीही मुख्यमंत्री माझी लाडकी बहीण योजनेअंतर्गत मिळालेले पैसे त्या कर्जासाठी वजा करता येणार नाहीत. कोणत्याही कारणास्तव लाभार्थ्यांचे खाते गोठवण्यात आले असेल, तर ते पूर्ववत करण्यात यावे, असेही निर्देश बँकांना दिले आहेत,